Dans FreedomBox (aujourd'hui Debian 9 Stretch), script utilisé pour demander un certificat, et sa valeur de chiffrement. Ici exemple, passage de 2048 (par défaut) à 4096...

Dans le fichier :
/usr/share/plinth/actions/letsencrypt

ajouter l'argument sous cette forme :
'--rsa-key-size', '4096',
qui donnera donc :

• AVANT :

def subcommand_obtain(arguments):
[...]
        'letsencrypt', 'certonly', '--text', '--agree-tos',
        '--register-unsafely-without-email', '--domain', arguments.domain,
[...]

• APRES :

def subcommand_obtain(arguments):
[...]
        'letsencrypt', 'certonly', '--text', '--agree-tos', '--rsa-key-size', '4096',
        '--register-unsafely-without-email', '--domain', arguments.domain,
[...]

Il suffira enfin de (re)générer le certificat Let's Encrypt